生物信息学.基因和蛋白质分析的实用指南

    人类基因组计划即将完成，这对人类了解生命和人类自身具有非常重要的意义。基因组研究的热点逐渐从基因组测序转向对基因组表达的分析和对蛋白质结构与功能的预测。大量生物分子的数据需要综合运用数学、物理、计算科学和信息科学等进行处理和分析，从而产生了生物信息学这门崭新的交叉学科。     生物信息学集成了分子生物学和计算方法，彻底变革了基因探索及相关的研究，为科学家提供了崭新的工具，可以用来处理由人类基因组计划产生的海量生物数据、原始DNA和蛋白质序列信息。     关于生物信息学的研究正深入开展，但是目前国内尚未见到有关生物信息学的图书。1998年美国国家人类基因组研究所和国家生物技术信息中心的两位教授Andreas  D.Baxevanis  和B.F.Francis  Ouel－lette出版了一本生物信息学专著(Bioinformatics―A  Practical  Guide  to  the  Analysis  of  Genes  and  Protenins)。本书是其中译本，是由清华大学生物信息研究所李衍达院士和孙之荣教授组织翻译的。     由前卫计算生物学家撰写的这本书，贯穿了已有的工具和数据库，包括应用软件、因特网资源、向数据库提交DNA序列以及进行序列分析和利用核酸序列与蛋白质序列进行预测的方法，使读者从中体验到生物信息学这一崭新的、有待开发的学科的魅力。     读者对象：高等院校的师生和从事生物工程研究的科技工作者。

1  因特网与生物学家     1.1因特网基础     1.2与因特网连接   1.3电子邮件     1.4文件传输协议   1.5GOPHER     1.6万维网     参考文献   2  GenBank序列数据库     2.1简介     2.2一级和二级数据库     2.3格式与内容：计算机与人     2.4数据库     2.5剖析GenBank  Flatfile   2.6小结   参考文献   附录  数据库文件格式     附录2.1GenBank记录的例子     附录2.2ASN.1记录的例子     附录2.3EMBL记录的例子     附录2.4GenBank总结文件的例子 3  结构数据库     3.1简介     3.2PDB：Brookhaven国家实验室蛋白质数据库   3.3MMDB：NCBI的分子建模数据库     3.4结构文件格式     3.5可视结构信息显示     3.6数据库结构浏览器     3.7不能查找出版的结构吗？     参考文献   专题论文   4  应用GCG进行序列分析     4.1简介     4.2Wisconsin  Package   4.3Wisconsin  Package使用的数据库   4.4SeqLab环境   4.5用操作和Wisconsin  Packop程序分析序列   4.6观察输出   4.7监视程序执行过程并解决问题   4.8给序列加注释并在SeqLab  Editor中图形化显示注释   4.9在SeqLab  Editof中保存序列   4.10在SeqLab中可以实现的分析实例     4.11引入非Wisconsin  Packop组件的程序扩展SaqLab   参考文献   附录 5  生物数据库的信息检索     5.1检索数据库条目：检索服务器(Retrieve服务器)     5.2集成信息检索：ENTREZ系统     5.3集成的信息访问：查询服务器     5.4NCBI之外的序列数据库     5.5医学数据库     参考文献   6  NCBI数据模型     6.1简介     6.2出版物     6.3SEQIDS：名称中包含了什么？     6.4BIOSEQ：生物序列     6.5BIOSEQSETS：序列集合     6.6Seq－annot：序列的注释属性     6.7SEQ－DESCR：序列的描述     6.8模型的使用     6.9小结     参考文献   7  序列比对和数据库搜索     7.1简介   7.2序列比对的进化基础     7.3蛋白质的模块性质     7.4最佳比对方法     7，5取代分和空位处罚     7.6比对的统计学显著性     7.7数据库中的相似性搜索     7.SFASTA     7.9BLAST     7.10低复杂度区域     7.11重复元件     7.12小结     参考文献   8  多序列比对的实际应用     8.1渐进比对方法     8.2模体和模式     8.3演示方法     参考文献   9  系统发育分析     9.1系统发育模型的组成     9.2系统发育数据分析：比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估   9.3建立数据模型(比对)     9.4决定取代模型     9.5建树方法     9.6进化树搜索     9.7确定树根     9.8评估进化树和数据   9.9系统发育软件     9.10一些简单的实际的考虑     参考文献   10  利用核酸序列的预测方法     10.1框架     10.2遮蔽重复DNA     10.3数据库搜索     10.4密码子偏好的检测     10.5探查DNA中的功能性位点     10.6复合的基因语法分析     10.7搜寻tRNA基因     10.8未来的展望     参考文献   11  利用蛋白质序列的预测方法     11.1基于组成的蛋白质辨识     11.2基于序列的物理性质     11.3Th级结构和折叠类型     11.4特殊结构或结构特征     11.5三级结构     参考文献   12  鼠类和人类公用物理图谱数据库漫游     12.1物理图谱的类型     12.2大型公用数据库中的基因组范围图谱     12.3个体来源的基因组范围图谱     12.4特定人类染色体图谱     12.5鼠类图谱来源     参考文献   13ACEDB：基因组信息数据库     13.1ACEDB的一般特点     13.2ACEDB中的序列分析     13.3多种分析功能   14  提交DNA序列到数据库(节选)