生物信息学(第二版)

   本书主要由全国农林相关院校的一线教师联合编写而成，围绕以序列分析、组学数据分析为代表的生物信息学主流领域，重点介绍了相关的概念、理论和方法。具体内容包括：生物信息学数据资源、序列比对、数据库搜索、系统发育分析、自然选择的检验、基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、蛋白质结构计算、表观基因组学、宏基因组、非编码NA及系统生物学等。本书力图把生物信息学的主要思想、原理、方法和内容传递给读者，让读者能够系统地理解生物信息学的理论和方法，利用生物信息学方法和途径解决面临的生物学问题。

本书可作为全国农林院校生物信息学课程的教材，也可供科研院所相关专业的学生、研究人员参考使用。

第一章 绪论1
第一节 生物信息学的概念1
第二节 生物信息学的历史2
第三节 为什么要学生物信息学4
第四节 生物信息学的方向和应用领域4
第五节 如何学习生物信息学6
第二章 生物信息学数据资源8
第一节 数据库概述8
第二节 核酸数据库9
第三节 蛋白质数据库15
第四节 基因组数据库21
第五节 其他生物信息学数据库23
第三章 序列比对25
第一节 序列比对概述25
第二节 序列比对的评分体系27
第三节 双序列比对方法35
第四节 多序列比对方法40
第四章 数据库搜索48
第一节 数据库搜索概述48
第二节 基本局部比对搜索工具49
第三节 高级数据库搜索56
第五章 系统发育分析60
第一节 系统发育概述60
第二节 分子系统发育树的构建方法65
第三节 系统发育树的评估73
第六章 自然选择的检验75
第一节 生物进化重要理论概述75
第二节 氨基酸位点的适应性进化77
第三节 特定位点和分支的适应性进化83
第四节 群体自然选择检验86
第七章 基因组学90
第一节 基因组学概论90
第二节 基因组分析93
第三节 基因组学研究方向及应用106
第八章 转录组学111
第一节 转录组概述111
第二节 RNA-seq实验和分析的基本思路112
第三节 转录组常用数据库125
第九章 蛋白质组学128
第一节 蛋白质组学概述128
第二节 蛋白质组数据的产生130
第三节 蛋白质组数据的分析138
第十章 代谢组学149
第一节 代谢组学概述149
第二节 代谢组学数据处理的常用方法152
第三节 代谢组学分析工具和数据库概述161
第四节 代谢组学分析工具——MetaboAnalyst167
第十一章 蛋白质结构计算175
第一节 蛋白质结构分类175
第二节 蛋白质三维结构预测179
第三节 蛋白质-蛋白质相互作用预测188
第四节 展望192
第十二章 表观基因组学194
第一节 表观基因组概述194
第二节 DNA甲基化194
第三节 组蛋白修饰198
第四节 RNA修饰204
第五节 常见表观基因组数据资源及工具210
第十三章 宏基因组215
第一节 宏基因组概述215
第二节 宏基因组数据的产生217
第三节 宏基因组数据的分析221
第四节 宏基因组数据的相关资源与工具229
第十四章 非编码RNA235
第一节 非编码RNA概述235
第二节 miRNA的生物信息学分析238
第三节 lncRNA的鉴别及分析240
第四节 circRNA的鉴别及分析243
第十五章 系统生物学246
第一节 系统生物学概述246
第二节 常见分子生物网络248
第三节 系统生物学的建模策略254
第四节 生物分子网络分析259
第五节 系统生物学数据资源和工具268
主要参考文献270