芽胞杆菌 第5卷 芽胞杆菌基因组学

“芽胞杆菌”系列丛书是基于科学研究的专业学术著作。本书是“芽胞杆菌”丛书的第五卷，共分为五章。第一章基因组测序技术的发展及其应用，综述了基因组测序技术的发展历史以及多种测序技术的原理和流程等，介绍了大规模的人类、动物和植物基因组计划的研究进展和成果。第二章主要生物类群的基因组研究进展，分别介绍了动物、植物和微生物的基因组研究进展，阐述了微生物基因组特征，介绍了几个重要的微生物组研究计划。第三章芽胞杆菌基因组测序进展，系统地总结了芽胞杆菌目的基因组测序进展，对每一种芽胞杆菌的所有菌株的基因组基本信息进行统计，包括菌株名称、测序机构、测序时间、组装水平和GenBank登录号。第四章芽胞杆菌基因组分类学与系统发育分析，介绍了基因组分类学指标及其在芽胞杆菌分类学上的应用，分别进行了基于全基因组直系同源基因的属、科和目水平的系统发育分析。第五章芽胞杆菌基因组描述，对671种芽胞杆菌的基因组进行了详细描述。书后列出了2470余篇参考文献供读者查阅。
本书可供从事农业、工业、环境、医学、生态等微生物相关领域的科研人员、企业技术人员、高校教师和研究生等参考。

第一章基因组测序技术的发展及其应用 1
第一节基因组测序技术的发展 1
一、基因组测序技术发展历程中的关键事件 1
二、早期的生物大分子测序技术 4
三、第一代自动化 DNA测序技术 10
四、第二代高通量 DNA测序技术 15
五、第三代纳米孔单分子 DNA测序技术 30
第二节基因组测序技术的应用与基因组研究计划 35
一、概述 35
二、人类基因组相关的研究计划与精准医学 36
三、动物基因组研究计划 41
四、植物基因组研究计划 44
五、地球生物基因组计划 45
第二章主要生物类群的基因组研究进展 47
第一节基因组研究的两个发展时期 47
一、基因组测序的缓慢发展期 47
二、基因组测序的井喷式发展期 48
第二节动物界基因组研究进展 49
一、动物界的分类概况与基因组大小 49
二、原生动物门的基因组测序 49
三、中生动物门的基因组测序 51
四、多孔动物门的基因组测序 52
五、扁盘动物门的基因组测序 52
六、刺胞动物门的基因组测序 52
七、栉水母动物门的基因组测序 54
八、扁形动物门的基因组测序 54
九、纽形动物门的基因组测序 56
十、轮虫动物门的基因组测序 56
十一、腹毛动物门的基因组测序 56
十二、线虫动物门的基因组测序 57
十三、鳃曳动物门的基因组测序 59
十四、内肛动物门的基因组测序 59
十五、环节动物门的基因组测序 60
十六、缓步动物门的基因组测序 60
十七、有爪动物门的基因组测序 61
十八、节肢动物门的基因组测序 61
十九、软体动物门的基因组测序 69
二十、腕足动物门的基因组测序 71
二十一、帚虫动物门的基因组测序 71
二十二、棘皮动物门的基因组测序 71
二十三、半索动物门的基因组测序 72
二十四、脊索动物门的基因组测序 73
第三节植物界基因组测序进展 92
一、种子植物门的分类概况 92
二、裸子植物亚门的基因组测序 97
三、双子叶植物纲或木兰纲的基因组测序 97
四、单子叶植物纲或百合纲的基因组测序 106
五、其他植物的基因组测序 109
第四节微生物基因组的研究进展 111
一、微生物基因组测序进展 111
二、细菌基因组结构特点 114
三、微生物的全基因组测序计划 120
四、微生物组计划 122
第三章芽胞杆菌基因组测序进展 133
第一节芽胞杆菌基因组测序的基础信息 133
第二节芽胞杆菌目各分类阶元的基因组测序进展 299
一、科水平的基因组测序情况 299
二、属水平的基因组测序情况 303
三、蜡样芽胞杆菌群的基因组测序情况 305
四、枯草芽胞杆菌群的基因组测序情况 307
五、种水平的基因组测序情况 308
第三节参与芽胞杆菌基因组测序的国家和机构 313
一、参与芽胞杆菌基因组测序的国家 313
二、参与芽胞杆菌基因组测序的机构 315
三、进行了大量基因组重测序的机构 316
四、特别关注某些特定种类基因组的机构 317
第四节芽胞杆菌基因组测序在年份上的进展 317
第五节芽胞杆菌基因组的拼接组装水平统计 318
第四章芽胞杆菌基因组分类学与系统发育分析 320
第一节细菌传统分类学与基因组分类学 320
一、细菌分类学 320
二、芽胞杆菌的多相分类学 321
三、基因组分类学 324
第二节芽胞杆菌基因组分类学研究 327
一、基于基因组分类指标的芽胞杆菌新种鉴定 327
二、基于全基因组的芽胞杆菌种类的重分类研究 331
第三节基于全基因组直系同源基因的芽胞杆菌系统发育分析 334
一、基于全基因组直系同源基因的芽胞杆菌科系统发育分析 334
二、基于全基因组直系同源基因的脂环酸芽胞杆菌科系统发育分析 363
三、基于全基因组直系同源基因的类芽胞杆菌科系统发育分析 366
四、基于全基因组直系同源基因的显核菌科/动球菌科系统发育分析 376
五、基于全基因组直系同源基因的嗜热放线菌科系统发育分析 385
六、基于全基因组直系同源基因的芽胞杆菌目系统发育分析 386
七、讨论 393
第五章芽胞杆菌基因组描述 397
第一节芽胞杆菌科基因组描述 397
一、芽胞杆菌属 397
二、好氧芽胞杆菌属 621
三、碱芽胞杆菌属 622
四、碱球菌属 623
五、交替芽胞杆菌属 625
六、兼性芽胞杆菌属 628
七、居盐水芽胞杆菌属 630
八、热碱芽胞杆菌属 631
九、热芽胞杆菌属 632
十、居热土菌属 634
十一、房间芽胞杆菌属 635
十二、假芽胞杆菌属 645
十三、虚构芽胞杆菌属 647
十四、地芽胞杆菌属 655
十五、纤细芽胞杆菌属 670
十六、喜盐碱芽胞杆菌属 681
十七、喜盐芽胞杆菌属 682
十八、盐乳杆菌属 695


十九、解氢芽胞杆菌属 699

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