生物信息学

本书首先介绍生物信息学的基本概念、产生与发展及主要研究内容，安排了生物学基础、统计学习与推断两章内容供读者选学；然后依次介绍生物信息学资源、序列分析与序列比对、分子系统发生分析等基本内容；接下来学习基因组信息学、生物芯片、转录组信息学、蛋白质组信息学等前沿内容；最后一章介绍系统生物学这一近期新领域的有关内容。
本书内容新颖、简明扼要、深浅适度，可作为生物信息学、医学及其他生命科学相关专业本科高年级学生、研究生的教材，也可供教师和研究人员学习、参阅使用。

序
前言
第1章生物信息学引论1
1.1引言1
1.2生物信息学的产生与发展3
1.3生物信息学的主要研究内容7
1.4生物信息学教育与学习14
问题与练习15
第2章生物学基础16
2.1蛋白质的结构和功能16
2.2遗传信息的载体——DNA18
2.3分子生物学中心法则19
2.4基因组24
2.5基因表达调控25
2.6DNA测序技术28
问题与练习40
第3章统计学习与推理41
3.1统计学习与推理基础41
3.2统计理论43
3.3分类算法48
问题与练习63
第4章生物信息学资源64
4.1引言64
4.2基因组信息资源67
4.3蛋白质信息76
4.4生物大分子结构数据库87
4.5其他生物学数据库90
问题与练习93
第5章序列分析与序列比对95
5.1核酸序列分析95
5.2表达序列标签分析100
5.3蛋白质序列分析104
5.4生物数据综合分析工具110
5.5序列比对的基本概念115
5.6双序列比对122
5.7多重序列比对126
问题与练习134
第6章分子系统发生分析135
6.1系统发生与系统发生树135
6.2分子进化模型与序列分歧度计算139
6.3分子系统发生树的构建143
6.4系统发生树的可靠性151
6.5分子系统发育分析软件及应用152
问题与练习155
第7章基因组信息学157
7.1引言157
7.2人类基因组计划和基因组信息学158
7.3基因组结构特点163
7.4基因组序列分析167
7.5基因识别方法169
7.6调控元件识别177
7.7功能基因组学181
问题与练习187
第8章生物芯片189
8.1生物芯片简介189
8.2生物芯片的种类190
8.3基因芯片的基本原理和基本流程191
8.4生物芯片的应用194
8.5基因芯片数据预处理195
8.6芯片数据分析199
问题与练习202
第9章转录组信息学203
9.1表达序列标签技术204
9.2基因表达系列分析技术204
9.3大规模平行测序技术206
9.4RNA-seq测序及测序数据的预处理207
9.5RNA-seq测序数据的分析216
问题与练习222
第10章蛋白质组信息学223
10.1引言223
10.2蛋白质组学常用的实验方法224
10.3蛋白质-蛋白质相互作用230
10.4蛋白质翻译后修饰的鉴定235
10.5蛋白质组学的应用243
问题与练习247
第11章系统生物学248
11.1引言248
11.2系统生物学的基本概念248
11.3系统生物学的基本技术与方法252
11.7信号转导通路277
11.4网络构建基础254
11.8蛋白质-蛋白质相互作用网络283
11.5基因表达调控网络273
问题与练习286
11.6代谢网络275
参考文献288