生物信息学实验指导及习题集

第一篇 生物信息学实验 1
第0章 生物信息学实验室规则与安全 2
第1章 文献检索 3
实验1 中文文献检索(以中国知网数据库为例) 4
实验2 外文文献检索(以ScienceDirect数据库为例) 8
第2章 生物信息数据库资源 12
实验3 核酸数据库检索(以GenBank数据库为例) 13
实验4 蛋白质数据库检索(以UniProt数据库为例) 22
实验5 蛋白质结构数据库检索(以PDB数据库为例) 30
实验6 基因组数据库检索(以TAIR数据库为例) 33
实验7 代谢数据库检索(以KEGG数据库为例) 38
实验8 非编码RNA数据库检索(以miRBase数据库为例) 44
实验9 基因表达数据库检索(以GEO数据库为例) 47
第3章 序列比对 50
实验10 在线序列比对实验(以BLAST、BLAT软件为例) 50
实验11 本地序列比对实验(以BioEdit软件为例) 54
实验12 多序列比对实验(以Clustal软件为例) 57
第4章 核酸序列分析 61
实验13 核酸序列常规分析(以DNAStar软件为例) 61
实验14 基因序列元件预测 63
实验15 引物设计分析(以Primer 5.0软件为例) 67
实验16 第一代测序数据分析 71
第5章 蛋白质序列分析 75
实验17 蛋白质理化性质分析 75
实验18 蛋白质空间结构分析 79
实验19 蛋白质的修饰分析 82
实验20 蛋白质定位预测 85
第6章 基因表达分析 89
实验21 qPCR数据分析 89
第7章 进化分析 93
实验22 进化树构建(以MEGA软件为例) 93
第8章 非编码miRNA分析 97
实验23 非编码miRNA查询及预测分析 97
第二篇 生物信息学习题集 101
第1章 文献检索 102
1.1 知识点介绍 102
1.2 典型例题讲解 103
1.3 习题 105
第2章 生物信息数据库资源 107
2.1 知识点介绍 107
2.2 典型例题讲解 111
2.3 习题 113
第3章 序列比对 119
3.1 知识点介绍 119
3.2 典型例题讲解 121
3.3 习题 122
第4章 核酸序列分析 125
4.1 知识点介绍 125
4.2 典型例题讲解 130
4.3 习题 131
第5章 蛋白质序列分析 133
5.1 知识点介绍 133
5.2 典型例题讲解 138
5.3 习题 139
第6章 基因表达分析 141
6.1 知识点介绍 141
6.2 典型例题讲解 144
6.3 习题 145
第7章 进化分析 147
7.1 知识点介绍 147
7.2 典型例题讲解 150
7.3 习题 151
第8章 非编码miRNA分析 153
8.1 知识点介绍 153
8.2 典型例题讲解 156
8.3 习题 157
第三篇 参考答案 159
第1章 文献检索 160
第2章 生物信息数据库资源 163
第3章 序列比对 173
第4章 核酸序列分析 175
第5章 蛋白质序列分析 177
第6章 基因表达分析 183
第7章 进化分析 185
第8章 非编码miRNA分析 186
第四篇 名词解释 187
附录I 常见模式生物基因组信息介绍 207
附录II 常见热带植物基因组信息介绍 240
参考资料 256