生物信息学

生物信息学作为一门新兴交叉学科，主要采用计算机、数学和信息科学的理论、方法及技术，以系统的观点来研究分子生物系统的信息存储、传递与组织规律，解释生命的遗传信息。《生物信息学》的主要内容包括：分子生物学及生物组学基础知识、常用分子生物信息数据库、生物信息学中的数学基础、基因组信息分析、转录组信息分析、蛋白质组信息分析、分子系统进化分析、基因功能研究、生物分子网络分析等。本书可作为高年级本科生或研究生的“生物信息学”课程教材，也可作为生命科学工作者或计算机应用技术工作者的参考书。

第1章引言1
1.1人类基因组计划对生命科学的影响1
1.2生物信息学的定义和研究内容2
1.3生物信息学研究方法3
第2章分子生物学及生物组学基础知识7
2.1遗传物质及遗传信息7
2.2分子生物学基本技术10
2.3基因与基因组学11
2.4蛋白质的结构与功能12
2.5生物学中心法则17
2.6蛋白质组学18
2.7转录组学19
2.8代谢组学20
第3章常用分子生物信息数据库21
3.1核酸序列数据库21
3.2蛋白质数据库29
3.3其他生物分子数据库32
第4章生物信息学中的数学基础36
4.1概率论与随机过程理论36
4.2多元统计分析42
4.3动态规划47
4.4智能计算方法49
4.5计算结果评估58
第5章基因组信息分析66
5.1原核基因组结构及功能分析66
5.2真核基因组结构及功能分析68
5.3基因组组装70
5.4DNA序列调控元件（模体或基序）识别77
5.5基因组条形码构建与分析84
5.6表观基因组学86
第6章转录组信息分析91
6.1转录组测序技术及分析流程91
6.2mRNA信息分析98
6.3非编码RNA信息分析111
第7章蛋白质组信息分析133
7.1蛋白质组学研究的开端和意义133
7.2蛋白质组学研究技术137
7.3蛋白质二级结构预测142
7.4蛋白质三级结构预测145
7.5蛋白质翻译后修饰的鉴定148
7.6蛋白质亚细胞定位158
7.7蛋白质组学在医学相关领域中的应用162
第8章分子系统进化分析168
8.1核苷酸替换模型168
8.2氨基酸和密码子替代模型173
8.3序列比对174
8.4系统树构建方法181
8.5系统树的可靠性与检验185
8.6适应性进化检测方法188
第9章基因功能研究193
9.1基因功能注释193
9.2基因功能富集分析204
9.3基因功能预测213
9.4基因功能的相似性215
第10章生物分子网络分析218
10.1常见的生物分子网络及通路218
10.2网络的拓扑属性224
10.3网络模块的识别234
10.4生物分子网络重构238
10.5生物分子网络比对244
10.6生物分子网络数据库及分析软件248
参考文献266