本草基因组学

本草基因组学是从组学水平研究中药及其与人体相互作用的一门新兴学科。本书在前版《本草基因组学》专著的基础上，对近十年来本草基因组学研究进行了细致的梳理和总结，并对学科发展与未来的研究思路和方向进行了探讨，为传统中药与现代生命科学的结合提供了学科支撑。本书上篇包括绪论、结构基因组学、功能基因组学、表观基因组学和宏基因组学等，下篇包括药用模式生物、中药合成生物学、基因组辅助育种、中药分子鉴定、中药体内过程组学研究、关键实验技术和生物信息学及数据库等内容。

   前言

上篇

第一章 绪论2

第一节 本草基因组学的产生和发展3

第二节 本草基因组学研究内容10

第三节 本草基因组学的应用13

参考文献15

第二章 结构基因组学研究策略18

第一节 核基因组研究策略19

第二节 叶绿体基因组研究策略22

第三节 线粒体基因组研究策略24

参考文献27

第三章 药用生物核基因组28

第一节 人参基因组28

第二节 灵芝基因组30

第三节 丹参基因组35

第四节 长春花基因组38

第五节 铁皮石斛基因组39

参考文献47

第四章 药用生物细胞器基因组49

第一节 药用植物叶绿体基因组49

第二节 药用生物线粒体基因组54

参考文献61

第五章 功能基因组学——药用生物转录组研究64

第一节 转录组研究策略64

第二节 药用植物转录组70

第三节 药用动物转录组82

第四节 药用真菌转录组83

参考文献87

第六章 功能基因组学——药用生物蛋白质组研究91

第一节 药用植物蛋白质组91

第二节 药用动物蛋白质组97

参考文献100

第七章 功能基因组学——药用植物代谢组研究102

第一节 药用植物代谢组研究策略103

第二节 基于代谢组学的中药鉴定和质量评价107

第三节 基于代谢组学的天然产物合成研究114

参考文献119

第八章 功能基因组学——天然产物生物合成途径解析121

第一节 天然产物生物合成途径研究策略122

第二节 萜类生物合成途径126

第三节 生物碱类生物合成途径134

第四节 黄酮类生物合成途径141

参考文献145

第九章 表观基因组学151

第一节 表观基因组研究策略151

第二节 非编码RNA157

第三节 DNA甲基化164

参考文献170

第十章 药用生物宏基因组学175

第一节 药用生物宏基因组学研究策略175

第二节 药用植物根际微生物宏基因组180

第三节 药用植物内生菌宏基因组190

参考文献193

下篇

第十一章 药用模式生物研究196

第一节 药用模式生物研究策略197

第二节 药用模式真菌——灵芝203

第三节 药用模式植物——丹参210

参考文献221

第十二章 中药合成生物学研究228

第一节 中药合成生物学体系创建229

第二节 中药合成生物学体系优化策略232

第三节 萜类合成生物学238

第四节 生物碱合成生物学242

第五节 黄酮合成生物学247

参考文献251

第十三章 药用植物分子育种研究257

第一节 药用植物分子育种原理与方法257

第二节 优质高产药用植物分子育种261

第三节 抗逆药用植物分子育种268

参考文献272

第十四章 中药分子鉴定275

第一节 DNA 条形码鉴定275

第二节 超级条形码鉴定290

第三节 其他分子鉴定技术293

参考文献297

第十五章 药物体内过程组学研究300

第一节 中药药物基因组学300

第二节 中药肠道宏基因组学307

第三节 中药药物蛋白质组学314

第四节 中药药物代谢组学319

参考文献322

第十六章 本草基因组学关键实验技术329

第一节 结构基因组学关键技术329

第二节 基因功能研究关键技术335

第三节 蛋白质组学关键技术337

第四节 代谢组学关键技术340

第五节 合成生物学关键技术342

参考文献344

第十七章 生物信息学及数据库347

第一节 生物信息学编程基础348

第二节 生物信息学常用分析方法349

第三节 基因组相关数据库353

参考文献360

核心参考文献362

主要名词中英文对照表364