R语言在生物医学领域的应用--聚文网

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内容简介

编写此书的目的是为了那些对生物医学数据分析感兴趣的非计算机专业读者介绍如何利用R语言工具进行生物医学数据的统计分析，并希望借助本书可以让读者在相对较短时间内了解R语言分析步骤和方法，而且可以动手分析自己的数据。本书在章节的安排上，除了开始几章介绍R语言的使用外，其余章节基本依照不同的研究对象来介绍，例如：统计分析，表达谱分析，基因型分析等等。

第1章R语言的安装和编辑器
1.1R语言的下载和安装
1.2R语言的编辑器简介
1.3Rstudio软件的安装
1.4RStudio软件的使用
第2章R语言基础
2.1R语言的对象
2.2向量(vector)
2.3因子(factor)
2.4数据组
2.5数据框的操作
2.6常用函数
2.7R语言的程序包(package)
第3章数据的整理和导入
3.1RStudio软件的工作路径
3.2数据读取
3.3数据整理
第4章统计分析
4.1随机分组
4.2样本估计
4.3描述性分析
4.4标准化处理
4.5正态分布检验和转换
4.6数值变量的统计分析
4.7分类变量的统计分析
4.8相关性和线性回归分析
第5章基因与基因型分析
5.1基因结构和序列
5.2FASTA格式的基本操作和引物设计
5.3基因多态性
5.4单核苷酸多态SNP的数据分析
第6章RNA-seq分析流程
6.1Bioconductor介绍
6.2RNA-seq实验数据介绍
6.3准备计数矩阵
6.4构建DESeqDataSet
6.5数据分析及可视化
6.6差异表达分析
6.7结果绘图
6.8注释及结果导出
6.9基因功能分析
第7章其他分析
7.1时间序列
7.2基因序列物种进化树
7.3R语言作图
7.4生存分析

R语言在生物医学领域的应用

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