二穗短柄草中抗病基因家族的分析及机器学习预测方法研究--聚文网

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内容简介

抗病基因对植物的生长发育起着非常重要的免疫调控作用，植物中抗病基因的数量和特征对该植物的抗病机制研究至关重要。本书选择禾本科植物二穗短柄草作为研究对象，系统鉴定了该物种内最重要的一类抗病基因家族，这类抗病基因所编码的蛋白具有核苷酸结合结构域（NBS，Nucleotide Binding Site）和亮氨酸重复结构域（LRR，Leucine-Rich Repeats），并系统分析了这些抗病基因。在获得二穗短柄草中的NBS-LRR抗病基因列表后，继续研究了其数字序列特征，并应用机器学习中的支持向量机算法对这些特征进行训练建模，构建和优化后的机器学习模型，可实现对其他已测序物种的快速抗病基因鉴定。本书可供基因分析及机器预测学习方法研究人员参考。

1 绪论
1.1 植物抗病基因概述
1.2 植物抗病基因研究中的生物信息学
1.3 常用生物信息学数据库和分析软件
1.4 本书的技术线路图
1.5 本书的主要内容
1.6 本书的目的和意义
2 二穗短柄草抗病基因家族NBS-LRR的鉴定与生物信息学分析
2.1 引言及研究动机
2.2 数据与方法
2.3 结果与分析
2.4 讨论与小结
3 二穗短柄草NBS-LRR抗病基因家族的表达谱分析
3.1 引言及研究动机
3.2 基因表达谱分析的常用技术
3.3 实验数据的获取
3.4 结果与分析
3.5 讨论与小结
4 NBS-LRR基因家族预测算法的设计与应用
4.1 研究背景
4.2 方法与数据集
4.3 结果与分析
5 总结与展望
5.1 主要研究结果
5.2 创新点
5.3 展望
附录
附录1 缩略词简表
附录2 NBS-LRR抗病基因列表
附录3 二穗短柄草中我们鉴定出的126个典型的NBS-LRR抗病基因的蛋白序列
附录4 NBS-LRR抗病基因的基因簇分布
附录5 氨基酸的部分理化性质简表
附录6 拟南芥中的正负样本序列列表
附录7 NBS-LRR抗病基因的蛋白序列结构域特征
参考文献

二穗短柄草中抗病基因家族的分析及机器学习预测方法研究

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