酸土脂环酸芽孢杆菌嗜酸耐热关键蛋白筛选及互作网络分析

利用Label-free技术筛选酸土脂环酸芽孢杆菌在热、酸胁迫下的差异表达蛋白和磷酸化修饰差异蛋白，并进行生物信息学分析，研究差异蛋白的分子功能及其参与的代谢途径，进而利用qRT-PCR从富集大量差异蛋白的主要通路中筛选响应热胁迫的关键蛋白；通过STITCH数据库预测耐热关键蛋白互作网络，并构建酵母双杂交文库进一步筛选嗜酸耐热关键调控蛋白的互作蛋白。研究结果揭示了关键蛋白在酸土脂环酸芽孢杆菌应答热胁迫过程中的分子功能及其与互作蛋白的关系和作用模式，阐明关键蛋白调控酸土脂环酸芽孢杆菌应答热胁迫的分子机制，对酸土脂环酸芽孢杆菌的危害控制具有重要意义。

前言
1 绪论
1.1 酸土脂环酸芽孢杆菌
1.1.1 脂环酸芽孢杆菌的发现与命名
1.1.2 脂环酸芽孢杆菌的耐热性
1.1.3 酸土脂环酸芽孢杆菌的生理生化特性
1.1.4 酸土脂环酸芽孢杆菌的危害
1.1.5 酸土脂环酸芽孢杆菌的检测
1.1.6 酸土脂环酸芽孢杆菌的控制
1.2 蛋白质组学在细菌应激机制研究中的应用
1.2.1 蛋白质组学简介
1.2.2 蛋白质组学研究中的翻译后修饰
1.2.3 蛋白质组学在细菌应激机制研究中的应用
1.3 生物信息学
1.3.1 生物信息学简介
1.3.2 生物信息学的应用
1.3.3 生物信息学在细菌应激机制研究中的应用
1.4 蛋白质相互作用网络
1.4.1 蛋白质的相互作用
1.4.2 蛋白质相互作用网络
1.4.3 蛋白互作网络在细菌应激机制研究中的应用
1.5 酵母双杂交
1.5.1 酵母双杂交原理
1.5.2 酵母双杂交的应用
1.5.3 酵母双杂交的发展
1.6 研究目的与意义
2 Lable-free技术筛选酸土脂环酸芽孢杆菌DSM 3922T热应激关键蛋白
2.1 引言
2.2 试验方法
2.2.1 菌种与培养基
2.2.2 酸土脂环酸芽孢杆菌的培养和热胁迫处理
2.2.3 扫描电子显微镜检测酸土脂环酸芽孢杆菌形态
2.2.4 酸土脂环酸芽孢杆菌总蛋白提取和酶解
2.2.5 酶解产物的LC-ESI-MS／MS分析
2.2.6 G0分析和KEGG分析
2.2.7 Quantitative Real-time PCR验证主要通路中的关键蛋白
2.2.8 数据分析
2.3 结果与分析
2.3.1 热胁迫对酸土脂环酸芽孢杆菌存活率和菌体形态的影响
2.3.2 LC-ESI-MS／MS分析热应激下的差异表达蛋白
2.3.3 热应激相关蛋白的生物信息学分析
2.3.4 差异表达蛋白的mRNA水平验证
2.4 讨论
2.5 结论
3 酸土脂环酸芽孢杆菌响应热胁迫的磷酸化蛋白质组学研究
3.1 引言
3.2 试验方法
3.2.1 富集磷酸化肽段
3.2.2 酶解产物的LC-MS／MS分析
3.2.3 生物信息学分析
3.2.4 数据处理和统计分析
3.3 结果与分析
3.3.1 热胁迫下磷酸化修饰蛋白质的鉴定与定量
3.3.2 热应激相关差异蛋白筛选
3.3.3 生物信息学分析
3.4 讨论
3.5 结论
4 酸土脂环酸芽孢杆菌响应酸胁迫的Lable-free定量蛋白质组学研究
4.1 引言
4.2 试验材料与试剂
4.2.1 菌种
4.2.2 培养基
4.2.3 主要试剂
4.2.4 主要仪器与设备
4.3 实验方法
4.3.1 菌液制备与培养
4.3.2 扫描电镜检测菌体形态
4.3.3 菌体总蛋白提取和酶解
4.3.4 酶解产物的LC-MS／MS分析
4.3.5 蛋白组学数据的生物信息学分析
4.3.6 数据处理和统计分析
4.4 结果与分析
4.4.1 酸胁迫对酸土脂环酸芽孢杆菌存活率及菌体形态的影响
4.4.2 酸土脂环酸芽孢杆菌酸胁迫下蛋白质的鉴定与定量
4.4.3 酸土脂环酸芽孢杆菌酸胁迫下差异表达蛋白的筛选
4.4.4 生物信息学分析
4.5 讨论
4.6 结论
5 酸土脂环酸芽孢杆菌响应酸胁迫的磷酸化蛋白质组学研究
5.1 引言
5.2 试验材料与试剂
5.2.1 菌种
5.2.2 培养基
5.2.3 主要试剂
5.2.4 主要仪器与设备
5.3 实验方法
5.3.1 菌液制备与培养
5.3.2 富集磷酸化肽段
5.3.3 酶解产物的LC-MS／MS分析
5.3.4 生物信息学分析
5.3.5 数据处理和统计分析
5.4 结果与分析
5.4.1 酸胁迫下磷酸化修饰蛋白质的鉴定与定量
5.4.2 酸应激相关差异蛋白筛选
5.4.3 生物信息学分析
5.5 讨论
5.6 结论
6 热应激关键蛋白互作网络预测与分析
6.1 引言
6.2 试验方法
6.2.1 热应激蛋白靶点信息的获取
6.2.2 热应激关键蛋白互作网络的构建
6.2.3 网络模块分析及GO注释
6.3 结果与分析
6.3.1 热应激关键蛋白靶点信息
6.3.2 热应激关键蛋白互作网络的构建
6.3.3 网络模块识别与分析
6.4 讨论
6.5 结论
7 酸土脂环酸芽孢杆菌酸应激关键蛋白互作网络分析
7.1 引言
7.2 试验方法
7.2.1 酸应激关键蛋白靶点信息的获取
7.2.2 酸应激关键蛋白互作网络的构建
7.2.3 网络模块分析及功能注释
7.3 结果分析
7.3.1 酸应激关键蛋白靶点信息
7.3.2 酸应激关键蛋白互作网络的构建
7.3.3 网络模块识别与分析
7.4 讨论
7.5 结论
8 嗜酸耐热关键蛋白DnaK的互作蛋白筛选
8.1 引言
8.2 试验方法
8.2.1 热应激关键蛋白总RNA提取
8.2.2 mRNA的分离
8.2.3 双链cDNA的合成与纯化
8.2.4 酵母双杂交cDNA文库构建
8.2.5 文库库容和cDNA插入片段检测
8.3 结果分析
8.3.1 总RNA的提取
……