甘蔗分子生物学实验技术

随着DNA测序技术和生物信息学的快速发展，以及我国对基础研究越来越重视，生物技术与常规杂交育种相结合将是甘蔗育种技术发展的必然趋势。因此，甘蔗科技人员对分子生物学实验技术的掌握已成为在新的高度和水平上揭示甘蔗生命奥秘的、促进甘蔗品种改良的必然需求。本书共分七章，介绍了常用分子生物学实验技术、甘蔗分子标记技术、甘蔗遗传转化、组学分析、甘蔗组织原位杂交与显微检测技术、甘蔗病害分子检测技术、常用分子生物学分析工具等，是在整理本甘蔗分子育种团队的研究成果，并参考国内外甘蔗科研相关文献，选择在甘蔗研究上应用较多的分子生物学实验技术及方法编写而成。希望此书的发行能为从事甘蔗科研的人员提供有益的参考，为促进现代甘蔗育种技术的进步，提高科技对甘蔗糖业发展的贡献率，促进甘蔗糖业的高质量发展。

前言
第一章 常用分子生物学实验技术
第一节 常用菌株和质粒
第二节 常用培养基
一、根癌农杆菌培养基
二、大肠杆菌培养基
三、SOC培养基
四、MS（Murashige and Skoog）培养基
第三节 常用抗生素
第四节 常用溶液与缓冲液
第五节 常用微生物学实验方法
一、常用菌株培养条件
二、菌株保存方法
三、菌种的复苏
四、菌种的接种、传代
第六节 细菌DNA操作
一、细菌DNA的提取
二、细菌DNA的酶切
第七节 甘蔗DNA操作
一、甘蔗总DNA的提取
二、甘蔗DNA的酶切、纯化、沉淀和电泳
第八节 甘蔗RNA操作
一、甘蔗总RNA的提取
二、甘蔗总RNA的DNase I处理
三、甘蔗总RNA浓度测定
四、甘蔗总RNA反转录反应
第九节 聚合酶链反应（PCR）
一、普通PCR
二、温度不对称嵌套PCR（TAIL-PCR）
三、实时定量PCR（QRT-PCR）
第十节 蛋白质实验技术
一、甘蔗总蛋白质的提取
二、甘蔗总蛋白质的SDS-PAGE电泳
第十一节 分子杂交技术
一、Southern杂交
二、Northern杂交
三、Western杂交
第二章 DNA分子标记技术
第一节 相关序列扩增多态性（SRAP）
一、SRAP标记的原理
二、SRAP分子标记的技术流程
第二节 目标起始密码子多态性（SCoT）
一、SCoT标记的原理
二、SCoT标记的引物设计
三、SCoT-PCR扩增
第三节 简单重复序列间扩增（ISSR）
一、ISSR标记的原理
二、ISSR标记的引物设计
三、ISSR-PCR扩增
第四节 扩增片段长度多态性（AFLP）
一、AFLP标记的原理
二、AFLP标记操作流程
第五节 简单重复序列（SSR）
一、SSR标记的原理
二、SSR标记操作流程
第六节 表达序列标签（EST）
一、EST数据库资源
二、植物EST数据的分析应用
第七节 单核苷酸多态性（SNP）
一、SNP标记的优点、特点
二、SNP的发现
三、SNP在作物遗传育种上的应用
第三章 甘蔗遗传转化
第一节 常用植物表达载体介绍
–、pBI 101
二、pBI 121
三、pBI 221
四、pCAMBIA3301
五、PL515-86
六、Ｎ-PL539-4
七、N-PL538-92
八、pCAMBIA1300
九、pCAMBIA1301
十、pCAMBIA1302
十-、pCAMBIA3300
十二、pART27
第二节 甘蔗组织培养
第三节 甘蔗的农杆菌遗传转化
第四节 基因枪轰击法甘蔗遗传转化
第四章 基因组原位杂交与显微检测技术
第一节 甘蔗染色体的核型分析（形态观察法）
第二节 甘蔗杂交后代基因组原位杂交技术（GISH）
第三节 甘蔗组织的石蜡切片技术（附HE染色方法）
第四节 甘蔗组织冷冻切片技术
第五节 甘蔗细胞骨架观察方法（免疫荧光法）
第六节 甘蔗花粉的收集和保存方法
第七节 甘蔗花粉数量的计数方法
第八节 甘蔗花粉生活力的测定
一、形态观察法
二、碘-碘化钾法
三、蓝墨水染色法
四、TTC检测法
五、培养基发芽法
第九节 甘蔗柱头可授性检测方法（联苯胺-过氧化氢法）
第五章 组学分析
第一节 基因组测序
第二节 转录组测序
第三节 Small RNA测序
第四节 circRNA测序
第五节 蛋白质组学
第六节 蛋白质修饰组学
第七节 代谢组学
第六章 甘蔗病害分子检测技术
第一节 甘蔗黑穗病分子检测技术
一、甘蔗黑穗病简介
二、甘蔗黑穗病分子检测技术概览
第二节 甘蔗梢腐病分子检测技术
一、甘蔗梢腐病简介
二、甘蔗梢腐病病原菌的分子检测步骤
第三节 甘蔗花叶病分子检测技术
一、甘蔗花叶病简介
二、甘蔗花叶病分子检测技术概览
三、甘蔗花叶病分子检测技术方法
第四节 甘蔗黄叶病分子检测技术
一、甘蔗黄叶病介绍
二、甘蔗黄叶病分子检测方法
第五节 甘蔗白条病分子检测技术
一、甘蔗白条病介绍
二、甘蔗白条病分子检测方法
第六节 甘蔗宿根矮化病分子检测技术
一、甘蔗宿根矮化病简介
二、甘蔗宿根矮化病分子检测步骤
第七章 常用分子生物学分析工具
第一节 SnapGene
第二节 DNAMAN使用简介
第三节 Primer Premier 5
第四节 从NCBI查找感兴趣的基因
第五节 利用Compute pI/Mw tool计算序列等电点和分子量的工具
第六节 利用TMHMM网站预测蛋白质跨膜结构
第七节 MEGA5-系统发育树构建
主要参考文献
附录1 一些常用单位符号及换算
附录2 缩略语表