生物信息学实验--聚文网

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内容简介

本书是《生物信息学》（科学出版社出版，陈铭主编）的配套实验教程，由浅入深，全面地介绍了生物信息学涉及的实验方法。全书共12个章节，涵盖了生物信息学需要掌握的基础计算机技术，如Linux系统、R语言的基本操作命令；以及数据库使用、序列比对、进化分析、基因预测、转录组分析、转录调控分析、单细胞转录组分析、蛋白质分析以及系统生物学相关的实验。每个章节先对实验进行简单介绍，然后通过案例进行操作步骤的详细介绍。

本书可用作高等院校生物信息学实验教材，也可以作为科研院所生物信息学相关专业学生或研究人员以及其他专业学生或研究人员的参考书。

前言
实验1 Linux系统入门与操作
实验1-1 文件与目录管理
实验1-2 文本输入
实验1-3 系统管理
实验1-4 Linux系统中的软件安装
实验2 R语言基础
实验2-1 R语言的基本操作
实验2-2 使用R语言计算并安装R程序包
实验2-3 使用R语言画图
实验3 NCBI、ENA和DDBJ数据库的序列获取
实验3-1 NCBI数据库序列数据的获取
实验3-2 ENA数据库文件的下载
实验3-3 使用DDBJ数据库下载测序数据
实验4 双序列比对
实验5 多序列比对分析
实验6 进化分析
实验7 基因预测
实验7-1 基因翻译蛋白
实验7-2 基因编码区预测
实验8 转录组分析
实验8-1 转录组数据准备
实验8-2 质控
实验8-3 序列映射
实验8-4 转录本定量
实验8-5 差异表达分析
实验8-6 基因集功能富集分析
实验8-7 加权基因共表达网络分析
实验9 转录调控分析
实验9-1 miRNA靶基因分析
实验9-2 ceRNA调控分析
实验10 单细胞转录组分析
实验10-1 单细胞转录组数据矩阵的获取
实验10-2 单细胞转录组数据的下游分析
实验11 蛋白质分析
实验11-1 蛋白质结构同源建模
实验11-2 蛋白质结构可视化分析
实验11-3 蛋白质-小分子的分子对接
实验11-4 蛋白质组定量分析
实验12 Cytoscape系统生物学
参考文献
附录1 思政小课堂
附录2 常用软件介绍及下载

生物信息学实验

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