农业害虫病原真菌基因功能研究

本书属于农业害虫病原真菌基因的反向遗传学方面的著作，有导论、基因功能的实验研究过程、基因功能的生物信息学研究、蝗绿僵菌微管蛋白（B-TUBULIN）基因的功能、蝗绿僵菌MAPPT1负调控微循环孢和紫外抗性、主要结论与展望等部分组成，全书以害虫病原真菌为研究对象，分析昆虫病原真菌基因功能研究的技术，阐述基因功能研究技术过程和详细的操作方法，通过案例介绍了其研究的结果和基因被赋予的功能，对基因修饰、编

张 杰（1975-），周口师范学院教师，男，出生于河南太康县，副教授，博士，重庆大学生命科学学院毕业，研究方向生物学，曾合著有《生物工程与技术导论》，发表论文30多篇。

\"第一章导论 11研究背景 12研究现状 121真菌侵染过程的研究 122真菌产生代谢物的研究 123侵染后的宿主防御研究 124相互作用的三级程度研究 125被侵染的昆虫致死性行为变化研究 126昆虫病原菌的传播方式研究 127昆虫宿主-病原菌模型的遗传多样性研究现状 128昆虫病原真菌的流行病学研究 129建模 1210控制潜力 1211毒力基因与非毒力基因 13研究技术路线 第二章基因功能的实验研究过程 21载体结构 22质粒的扩大培养与提取（以天根质粒提取试剂盒为例） 23质粒酶切 24回收酶切质粒（OMEGA凝胶回收试剂盒） 25目的基因的寻找与电子PCR 26酶切位点分析 27引物设计和接头添加 28PCR扩增 29上样电泳 210PCR产物回收 211酶切质粒回收物和PCR纯化产物的连接 212感受态大肠杆菌转化 213阳性克隆鉴定 214靶基因的下游片段重组 215重组完整的质粒电转到农杆菌 216农杆菌侵染目标真菌 217真菌转化子培养与PCR验证 2171真菌转化子培养与PCR验证过程 2172微量DNA提取试剂配方 218真菌转化子的Southern Blotting杂交验证 2181真菌基因组DNA提取 2182Southern Blotting杂交操作 第三章基因功能的生物信息学研究 31Motif的分析与再现 311序列下载 312Motif分析 313Motif分析再现 314MEME的应用 32Motif的批量分析方法 321文件准备 322导入数据与设置 323细节调整与文件保存 324空间位置大小调节 325文本设置 326其他 33多基因组比对和共线性分析Mauve软件 34蛋白质三维结构预测（SWISS-MODEL） 35同源性分析—进化树构建 351Mega软件构建进化树 352clustalx与Mega联合构建进化树 353在线比对与Mega联合构建进化树 354构建系统发育树需要注意的问题 355系统发育树的美化 36小RNA分析方法 361数据下载 362mRNA差异表达 363lncRNA差异表达 364miRNA差异表达 365ceRNA网络构建 37基因编码蛋白的二级结构预测 371PSIPRED Workbench在线预测 372COILS在线预测卷曲结构 373Jpred4在线预测 374scratchproteomics在线预测 375Predict Protein在线预测 376信号肽的在线预测 38蛋白质的物理化学性质预测 39基因的模体识别与解析 310蛋白结构的可视化 311基因的富集信号通路分析 312分子对接分析 3121分子对接的基础 3122Chimera软件分子对接过程 3123分子对接细节展示 3124分子对接结果平面化 313蛋白活性口袋的预测 314antiSMASH数据库—微生物次生代谢物合成基因簇查询和预测 315蛋白的多级构比对分析 316Circos在线绘图 第四章蝗绿僵菌微管蛋白（β-tubulin）基因的功能 41研究背景 42研究的内容 43实验材料 431主要仪器设备 432主要试剂和培养基 44实验方法 441菌株和培养条件 442生物信息学分析 443真菌基因组DNA和RNA提取 444荧光染色及观察 445Southern blotting 446载体构建及转化子的获得 447孢子和虫菌体的计数 448产孢量的测定 449昆虫生测 4410PCR扩增程序和条件 4411数据处理 45结果分析 451蝗绿僵菌β-tubulin基因的生物信息学分析 452蝗绿僵菌目标基因β-tubulin基因敲除和回复转化子的验证 453蝗绿僵菌β-tubulin基因对菌落形态和菌丝形态的影响 454蝗绿僵菌β-tubulin基因对毒力的影响 455蝗绿僵菌β-tubulin基因对产孢的影响 456蝗绿僵菌β-tubulin基因对侵染结构附着胞的影响 457蝗绿僵菌β-tubulin基因在细胞核事件中的功能 46讨论 第五章蝗绿僵菌MaPpt1负调控微循环产孢和紫外抗性 51研究背景 52研究内容和技术路线 521研究内容 522研究技术路线 53实验材料 531主要仪器设备 532主要试剂和培养基 54实验方法 541菌株和培养条件 542生物信息学分析 543真菌基因组DNA和RNA提取 544荧光染色及观察 545Southern blotting 546载体构建及转化子的获得 547孢子和虫菌体的计数 548产孢量的测定 549昆虫生测 5410RNA的提取和定量分析 5411磷酸化蛋白质组学分析 5412数据处理 55结果分析 551蝗绿僵菌MaPpt1基因的生物信息学分析 552蝗绿僵菌MaPpt1目标基因的敲除和回复菌株的构建 553蝗绿僵菌MaPpt1对菌落表型的影响 554蝗绿僵菌MaPpt1对产孢量的影响 555蝗绿僵菌MaPpt1对紫外逆境抗性的影响 556蝗绿僵菌中MaPpt1在湿热逆境中的作用和表达模式的分析 557MaPpt1在紫外和湿热逆境中的作用 558蝗绿僵菌MaPpt1在不同培养基上对产孢的影响 559蝗绿僵菌MaPpt1对毒力的影响 5510蝗绿僵菌MaPpt1调控的信号途径材料的选择及RNA质量评估 5511蝗绿僵菌MaPpt1 基因的敲除改变了产孢的信号途径 5512蛋白质组学分析MaPpt1在产孢和UV抗性的作用机制 5513MaPpt1调控的基因网络 56讨论 第六章主要结论与展望 附录 AqRT-PCR数字表达谱验证结果 B蛋白质组学分析结果 C蛋白质组学质谱图 D缩略词 E常用色素配制及使用方法 F常用抗生素配制及使用方法 G常用培养基 H常用试剂配制方法 I常用酸碱指示剂及变化范围 J常用生物鉴定引物\"